Первыми поселенцами села были татары, осевшие здесь в середине  XVI века. Название селу дала река Каргалинка, что означает «вороньи места» или «черные места». Татары Базанаковых юрт так назвали речку, болото и места своего поселения в районе современного села. Похожее слово «КАРГАТ» переводится с тюркского как «заставить защищать».

В 1703 году, в годы царствования Петра I, представители татарского рода продали свои луга по реке Каргале десятнику пеших казаков Афонасию Трубочеву. В 1784 году в Каргалинском населенном пункте стояло 44 двора, в 1805 году - 55, а в 1859 г. в 75 дворах числилось 556 человек, из них 309 душ мужского пола. Большинство жителей Каргалы были переселенцами из Вятской, Пензенской и Калужской губерний. В 1865 году на средства прихожан была построена церковь в честь Святой Живоначальной Троицы. Не только удачно выбранное место вблизи проезжей дороги, плодородные земли, леса, клюквенное болото, но в первую очередь церковь стали причиной стремительного роста населения. При церкви была открыта церковно-приходская школа. В первые годы советской власти в Каргале стояло уже 186 дворов с населением в 860 человек. Крестьяне распахивали новые пашни, сеяли хлеб, разводили скотину, занимались пчеловодством, шили обувь, шишкарили. Подсобными промыслами были смолокурение, пимокатание, ткачество. Валенки катал Корняков Федор Трофимович, научившись этому ремеслу у отца. Для изготовления обуви своей семье (в доме было семеро детей) он держал 10-15 овец.

Для производства валенок шерсть привозилась из Батката, Вознесенки, Речки, Комаровки, Абросимовки. Паушкин Николай Федорович из Абросимовки, большой специалист по шитью тулупов, полушубков, теплых овчинных рукавиц, в которых никакой мороз не страшен, всегда за валенки отдавал свою продукцию.

Был в Каргале и свой шорник. П.Д. Федотов считался лучшим мастером по изготовлению конной упряжи. До 50-х годов Павел Данилович для колхозных и личных лошадей всю упряжь изготавливал один. Сам выделывал шкуры, смолил готовые изделия дегтем, а бывало, и украшал их металлическими заклепками и кисточками.

Сани, телеги, дуги мастерил Илья Николаевич Ананьин. До сих пор каргалинские хозяйки берегут сделанные его «золотыми» руками маслобойки, бочки, кадки, кадушки, люльки, грабли, коромысла, охотничьи лыжи.

Каргалинская земля до сих пор хранит фамилии тех, кто на ней трудился. Поля, лесные угодья называли по имени хозяев: Крючково, Шукшино, Михайлово, Абрамкино, Шуляевское, Зуево. Поле по имени Пятерик было названо по аналогии с ладонью в 5 пальцев. До сих пор слань (елань), расположенную неподалеку от того места, где стояла церковно-приходская школа, зовут Школьной.

В деревне Каргалинской проживали крестьяне по фамилии Глазковы, Кузнецовы, Трубочевы, Матросовы, Байгуловы, Бурыхины, Казены, Роговы, Аникины, Шукшины, Сорокины, Разумовы. Из поселенцев и ссыльных: Репины, Масленниковы, Морские.
19 мая 1921 года здесь начал свою работу сельский совет. Первым председателем был назначен Михаил Яковлевич Демарев.

За 85 лет существования сельсовета им руководили Глазков Николай Филиппович, Стрельников Федор Веденееевич, Абросимов Михаил Георгиевич, Сновидов Виктор Васильевич, Архипов Филипп Егорович, Сновидова Августа Васильевна, Чирикова Нина Николаевна, Лавский Валерий Станиславович, Лученок Валентина Александровна.

В 1932 году в Каргале было образовано 2 колхоза: «Новая жизнь» и «Красный броневик». Активную агитацию за коллективизацию проводили комсомольцы. Они же организовывали занятия по ликвидации безграмотности, собирали металлолом, устраивали концерты, перед которыми пропагандировался новый образ жизни без кулаков и единоличников. Люди сеяли хлеб, готовили сено, хлеб жали серпом. Держали коров, свиней, овец, птицу.

В 1939 году в селе появляется первый трактор. Работал на нем Максим Кочетов. Казалось, вот-вот жизнь наладится. Но началась война, и забрали каргалинских соколиков на фронт. Провожали всей деревней, и плакали, и пели, а сердце рвалось от тяжких дум: вернутся ли?

В военные годы каждый член колхоза по неделе работал на лесозаготовках. Потом неделю - в колхозе. Особенно трудно было женщинам.

В конце пятидесятых колхозы «Новая жизнь» и «Красный броневик» объединились, оставив название первого.

В 1961 году  в колхозе было всего 69 коров, 280 овец, 160 свиней, 320 кур, три комбайна, две веялки и пять, требующих ремонта, тракторов. И никакой ремонтной базы. Таким и принял хозяйство по акту вновь прибывший молодой председатель колхоза Лещеня Владимир Иванович.

Обладая редким даром организатора и руководителя, он подобрал толковую команду, и люди, наконец, узнали, что такое достаток. В первые же годы зарплата выросла в 10 раз. Забота о людях обернулась качеством работы. В два раза увеличились надои.

В 1964 году колхоз «Новая жизнь» получает новое название - «Гигант». У этого известного имени длинная история. Впервые так назвали в 30-х колхоз в Новоуспенке (Солонцы). В 1961-м в результате государственной политики укрупнения хозяйств Новоуспенка, Малобрагино и Трубачево объединились, а в 1964 году к ним присоединилась Каргала со всеми близлежащими деревеньками, став центральной усадьбой, с Владимиром Ивановичем Лещеней во главе. При каждом объединении название «Гигант» передавалось новому, все более крупному хозяйству.

Так, имя «Гигант» закрепилось за Каргалой, став известным далеко за пределами области. После очередной реорганизации в это хозяйство вошла Вознесенка, вышедшая из колхоза «Рассвет». К концу 70-х годов в колхозе «Гигант» было 2747 голов крупного рогатого скота, 72 трактора, 30 комбайнов, 49 автомобилей.

Получил известность и Каргалинский птичник, в котором со дня основания и до его последнего дня работала Валентина Васильевна Кулманакова.

В 1977 году при крайне неблагоприятных погодных условиях, но умелой агротехнике собрали на одном поле по 26 ц зерновых с га (в других хозяйствах в том же году - 11-14 ц с га).

Неузнаваемо за эти годы изменился облик хозяйства. Увеличились посевные площади, укрепилась экономика.

В колхозе «Гигант» находило свое применение все новое, что касалось сельского хозяйства. Здесь дал первые тонны витаминной травяной муки АВМ. В Каргале впервые в районе был построен механизированный животноводческий комплекс с молокопроводом.

В село с центральной колхозной усадьбой потянулись люди из окрестных деревень. Население Каргалы выросло в семь раз и стало приближаться к тысячному рубежу. Владимир Иванович был таким руководителем, который не только требовал большой самоотдачи от людей, но и сам делал все возможное, чтобы улучшить их быт, создать условия для более достойной жизни.

Сначала из добротного кирпича были построены две улицы с благоустроенными домами (ванными, теплыми туалетами). Затем поднялись двухэтажные красивые дома на двух хозяев каждый.

В 80-х годах стали строиться улицы с домами 25-й серии под газовое отопление. Чувствуя заботу о себе, люди старались и работать в полную силу. За высокую производительность труда, умение при любых условиях выполнять и перевыполнять план колхозники получали правительственные награды:

1. Архипов Филипп Егорович - орден Ленина;
2. Горшкалев Алексей Васильевич - орден Ленина;
3. Орехов Иван Тимофеевич - орден Ленина;
4. Воскресенский Григорий Иванович - орден «Знак Почета»;
5. Блажевич Мария Людвиговна - орден « Знак Почета»;
6. Сновидова Августа Васильевна - «Знак Почета»;
7. Казин Анатолий  Алексеевич - «Знак Почета»;
8. Логутова Евгения Ивановна - орден Ленина;
9. Лобач Аркадий Дмитриевич - «Знак Почета»;
10. Старикова Зоя Прокопьевна - орден « Знак Почета»;
11. Салтыков Виктор Петрович - орден «Знак Почета».

Лещеня В.И. был награжден орденом Октябрьской Революции, двумя орденами «Знак Почета», медалями, он получил высокое звание «Заслуженный работник сельского хозяйства». В 70-80-х годах здесь процветал не только колхоз, но и школа. Ее директор В.П. Салтыков, талантливый учитель и организатор, создал лучший в области школьный краеведческий музей. Новому директору образовательного учреждения В.Н. Атаманенко удалось найти энтузиастов краеведческого движения и вновь собрать у населения предметы старины.

Гордостью жителей этого села стали швейная мастерская, прекрасный Дом культуры со спортивным залом и кафе. Для оформления каргалинского культурного центра, краеведческого музея, столовой, гостиницы и кафе правлением колхоза был приглашен художник А.А. Дмитриев. Сегодня его полотна увозят в Японию, Голландию, Германию, Израиль, другие страны. Их охотно покупают томичи и шегарцы. За 27 лет Александр Андреевич Дмитриев написал в Каргале более 3000 картин с видами шегарских пейзажей и портретов передовиков сельскохозяйственного труда.
За годы перестройки слава колхоза ушла в прошлое.

Рядом с трассой во второй половине 90-х годов построено инкубаторно-птицеводческое хозяйство, в котором разводят гусей, уток, кур, индеек.

В июне 2006 года в селе появилось ЧП "Хатюшин Аркадий Аркадьевич". В помещении бывшей колхозной столовой  предприниматель открыл предприятие по изготовлению пельменей, полуфабрикатов, шашлыков. Эта продукция нашла своего покупателя не только  в районах Томской области, но и в соседних регионах. Сегодня на предприятии трудятся более полусотни человек. Заметно расширился и ассортимент производимой продукции - фарш, котлеты и другие полуфабрикаты.

На 01 января 2022 года в Каргале проживают 689 человек.