В 1801 году, в 50 верстах от Томска в селе Богородском (ныне село Старая Шегарка Шегарского района), иждивением прихожан был построен каменный трехпрестольный храм с каменной же колокольней. Первый престол во имя Одигитриевской Божьей Матери находился в центре, второй - во Имя Святого Архистратига Михаила - по правую руку, третий, построенный в 1860 году, - Во Имя Усекновения Честныя Главы Славного Пророка Предтечи и Крестителя Господня Иоанна - по левую руку. 1 октября того же года освящён Преосвященным Порфирием. Храм был удивительно красив и напоминал Церковь на Воскресенской горе в Томске. По воспоминаниям И. В. Иванова: «... при входе в храм на сводах потолка была роспись - человек на белой лошади, а у лошади были крылья; Божия Матерь с ребёнком на руках». Вокруг храма была большая красивая железная ограда. Церковь имела два больших и богатых иконостаса. Центральное место основного иконостаса занимала икона Божьей Матери Одигитрии - Путеводительницы. Икона была написана в 1702 году в Тобольске в царствование Петра Великого. Икону Одигитрии Богородской чтили во всех городах и селениях огромной Томской губернии. Ежегодно 21 мая святой образ крестным ходом приносили в Томск. С ней связано множество историй о чудотворении и исцелении. Богородская икона Божией Матери Одигитрии Смоленской принадлежала к числу наиболее почитаемых святынь Томской земли.

В 1929 году разворачивается деятельность по изживанию религиозности. Духовенство и верующих начали притеснять. Начинаются массовые репрессии. Самым кровавым годом был 1937.

В 1937 году Шегарским райисполкомом было решено снести колокольню, в связи с тем, что та отошла от церковной стены на 3 см. и грозит дальнейшему разрушению здания. Так богородцы лишились своей знаменитости - Звонницы. Заодно решили снять и кресты. Главный крест сняли лишь со второй попытки через несколько дней. При падении он изогнулся, глубоко ушел в прибрежный песок. Доставать его из Оби никто не решился. В то же время в церковных печах жгли церковные книги, иконы. При закрытии Церкви киоты с иконами были вынесены и помещены в райпотребсоюзовскую конюшню на чердак. Икону Божьей Матери удалось спасти. Многие жители Богородска брали в свой дом иконы, частички иконостаса.

В здании храма долгое время находилась библиотека РК ВКП(б). 10 сентября 1937 года было решено устроить в бывшем храме клуб и кинобудку. Позднее церковное здание было использовано для хранения зерна.

Летом 1941 года церковь решено было разобрать. Стены оказались прочными, пришлось взрывать. Вот о чём вспоминает коренной житель села М. М. Цуканов: «Дело было летом. Приехал председатель райисполкома на сером коне, приказал: «Всем разойтись! Взрывать будем». Заложили тол и взорвали... Как лесина повалилась Церковь, разбилась на три глыбы. Вся она была в обвязках кузнечной сварки, прочная была. Кирпичу к тому времени было более трёхсот лет. А развалили... Люди стояли и смотрели издалека, плакали, находясь в оцепенении.

В начале мая 1941 года на село (теперь оно называлось Шегарское) обрушилось страшное стихийное бедствие - наводнение. Огромные льдины как бритвой срезали добротные дома, бани, а хозпостройки, бывало, уносило вместе с животными. Многие уехали на «гору», часть людей спасались в церкви. Когда вода ушла, то картина была ужасающая. В срочном порядке перевозили административные здания в новый райцентр.

И вот в такое жуткое время началась Великая Отечественная война.

Лишь много лет спустя в районном центре с.Мельниково была открыта церковь в приспособленном здании, затем переехала в другое здание (бывшая сберкасса), где сейчас и находится. На территории церкви идёт строительство нового храма.

Богородцы долгое время мечтали, когда на святых местах с.Богородского будут поставлены памятники, напоминающие о славной истории и роковых ошибках наших предков. И это время пришло. У людей появился интерес к истории Отечества, желание трудом и верой принести покаяние за вину предков.

В 2009 году начался активный поиск чудотворной иконы и подготовка к 300-летию первого крестного хода из с.Богородского в город Томск. Чудотворная икона была найдена.

9-10 августа 2009 года прошёл первый крестный ход с чудотворной иконой Одигитрии Смоленской из города Томска в село Мельниково, а затем в Богородское (Старую Шегарку). Это событие стало очень важным и памятным не только для жителей района и Томской области, но и всей Сибири. С 2009 года крестный ход проходит ежегодно 10 августа.

В настоящее время «Смоленская Одигитрия» находится в Троицкой церкви г.Томска, но после завершения строительства нового храма, икона будет храниться в с.Мельниково Шегарского района.